El nombre del primitivo asentamiento fue Ilurcis, poblada en el siglo V a. J.C. por los celtíberos. Restos arqueológicos de la Primera Edad de Hierro atestiguan esta afirmación.

     Hacia el siglo II a. de J.C., los romanos conquistan la ciudad, dándole el general (Tiberio Sempronio Graco) su propio nombre: Gracurris,  y haciendo de ella una plaza fuerte  (oppidum),  pasando, en tiempos de Tiberio, a la condición de municipio, en el cual confluían varias calzadas. Por Gracurris pasará Muzza, arrasando la ciudad, cambiando su emplazamiento y nombre: Alfaro;¿castillo? ¿atalaya? ¿alfar? no es claro su significado.

    Tras la reconquista definitiva de esta zona por el rey Alfonso I el Batallador, se construirá una muralla alrededor y será este monarca el que haga un primer  reparto de aguas, un aspecto en litigio que todavía hoy es recordado; tan fuerte que se intentó resolver, entre otros asuntos, con el matrimonio de Enrique IV de Castilla y Blanca de Navarra en 1.437.

     En 1.629, el rey Felipe IV, concede a Alfaro el título de ciudad, perteneciendo a Soria hasta la creación de la provincia de Logroño en 1.833. Actualmente se incluye dentro de la Comunidad Autónoma de La Rioja.